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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已展示出很广的生态学抗逆性，收录抗肿癌和抵抗疾病毒功效。平常，三萜是按照甲羟戊酸行业结合的，并从天然冰树木和真菌孢子中导出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上投稿了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探析论文提纲。该探析察觉三萜类化学物质野生灵芝粉酸（GA）是可以通过液态体养育的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物技术技木变为行成的。经由转录组和淀粉酶质组学技木进1步打磨无柄虫草菌丝体中DHT行成有两种虫草酸（GA）的措施，并按照其多个学技木在线检测到的对比分析人类基因和对比分析淀粉酶，预测未来DHT 生物技术技木合成视频 GA 的手段。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和性能分为

依据对无柄灵芝粉念珠菌菌丝体做好转录组测序共到67230个转录本和14297个单遗传dna。在这种单遗传dna中，493个被司法鉴定为性别差异表答爱遗传dna（DEGs），各举213个表答爱上涨，279个表答爱调低（图1A）。GO怪物丰度概述后，DEGs构成怪物步骤（BP）、组织癌细胞成份（CC）和团伙功效（MF）3类。在BP品目中，会出现了前以下5个子品目：四环素可分解癌细胞分泌步骤，冰醋酸盐癌细胞分泌步骤和甲酸盐癌细胞分泌步骤;而在CC品目中，组织癌细胞外区、突触混合体、突触成分是前以下5个亚类。相对MF品目，甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶、防氧化还原系统酶几丁质酶和酸氨（或酰胺）接连酶几丁质酶是前以下5个亚品目（图1B）。在DEGs的KEGG手机信号手机信号环路概述中，前30条怪物丰度度是最高的的手机信号手机信号环路中含27条是癌细胞分泌，各举甲烷气体癌细胞分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐癌细胞分泌、丙酸盐癌细胞分泌手机信号手机信号手机信号环路强势怪物丰度（图1D）。

图1|转录成分析和系统分类整理

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

顺利用对无柄灵芝粉病菌菌丝体做淀粉酶酶质组学信息剖析，共有明确了16,457种奇特肽、2606种淀粉酶酶质和2588种参考值淀粉酶酶质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的建立因素下，在那2606种淀粉酶酶质中，94种被亲子鉴定为差别的表答方法淀粉酶酶（DEPs），中间52种上浮，42种上涨（图2A），图2C表明了差别的表答方法淀粉酶酶的聚类剖析信息剖析热图。从GO信息剖析而言，BP等级分类表明，基本都数DEPs参与活动醋酸钠盐癌内部新陈基础代谢率转化方式、抗菌素葡萄糖空气阳极氧化癌内部新陈基础代谢率转化方式和性药物葡萄糖空气阳极氧化癌内部新陈基础代谢率转化方式。CC类DEPs在癌内部外区、过空气非金属阳极氧化物酶体和微体中比重是至高的，空气阳极氧化抹除酶催化几丁质酶和甲酸脱氢酶（NAD）催化几丁质酶在MF类中DEPs的比列是至高的（图2B）。与转录组结局类同，KEGG径路信息剖析表明，越来越多DEPs在癌内部新陈基础代谢率转化中怪物技术怪物技术富集，中间3条最怪物技术怪物技术富集的渠道是光合怪物技术中的碳紧固、碳癌内部新陈基础代谢率转化和MAPK的信号径路（图2D）。还有就是，顺利用信息剖析GO信息库的CC对DEPs做亚癌内部方位定位信息剖析和标注（图2E），DEPs具体分布范围在癌内部质（40.66%）、癌内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），基本原理上是GAs怪物技术提炼的具体方位。

图2|核苷酸质组的降钙素原检测深入分析和功能表效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物转换和比组备选DEGs和DEPs打造了维恩图，有20个的差异表现遗传基因组组（图3A）。对转录组和核脂肪酸组中E组和C组一共的DEGs/DEPs来聚类探讨法探讨，找到mRNA和核脂肪酸区间内有18个调整遗传基因组组和8个下跌遗传基因组组，DEGs与它反译的DEPs表现横向呈正相应内容，源于Pearson的相应内容公式探讨，在转录组和核脂肪酸组区间内查重到相较高的相应内容性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）监测没想到体现，E组和C组19个DEGs的描述技术水平异同有效，另外9个为调整DEGs，多个为降低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的描述市场趋势与转录成分析没想到同一。

图3|淀粉酶质组的按量定性分析和作用检验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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